Zdravu hranu s peptidima treba staviti samo na hladno i suho mjesto.

Za peptidne reagense i peptidne lijekove potrebno ih je držati u sušilici. Liofilizirani peptidi mogu se staviti na sobnu temperaturu prije izlaganja zraku. To će smanjiti utjecaj vlage, a kada sušenje zamrzavanjem nije moguće, najbolji način je pohranjivanje u malim radnim volumenima uzoraka. Za peptidne reagense koji sadrže Cys, Met ili TrP, pufer za deoksidaciju je neophodan za njihovo otapanje, jer se peptidni reagens lako oksidira zrakom, a dušik ili argon koji sporo teče iz polipeptidnog reagensa prije zatvaranja boce također će smanjiti oksidaciju. Peptidni reagensi koji sadrže Gln ili Asn također se lako razgrađuju, a svi peptidi imaju ograničen životni vijek u usporedbi s onima koji ne sadrže te problematične liozide.
Peptidi imaju širok raspon topljivosti. Glavni problem s netopljivošću peptida je stvaranje sekundarnih struktura. To se događa u svim peptidima osim u najvažnijim, posebno u peptidima s višestrukim hidrofobnim ostacima. Sol potiče stvaranje sekundarne strukture. Preporučamo prvo otapanje peptida u sterilnoj destiliranoj vodi ili deionizaciju. Ako je potrebno povećati topljivost, može se koristiti sonikacija. Otapanje je još uvijek problem, dodavanje male količine razrijeđene octene kiseline (10 posto) ili amonijaka će olakšati otapanje.
Za dugoročno očuvanje peptidnih reagensa, najbolje je sušiti smrzavanjem, a hladno osušeni prah može se pohraniti na -20 stupnju ili niže nekoliko godina uz malu ili nikakvu degradaciju. Peptidi u otopini su daleko od stabilnosti. Peptidi su osjetljivi na bakterijsku razgradnju i trebaju se otopiti u sterilnoj pročišćenoj vodi.
Otopine peptida koje sadrže ostatke Met, Cys ili Tyr imaju ograničen vijek trajanja zbog oksidacije. Treba se otopiti u anaerobnom otapalu, kako bi se spriječilo ponovljeno uništavanje smrzavanjem-otapanjem, preporučuje se otopiti višak peptida u pokusu s kakicom, a ostatak polipeptida se čuva kao čvrsta tvorba.